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加州大學戴維斯分校研究人員黛安娜·米格諾洛蒂提醒，若非必要，儘量少照電腦斷層掃描，尤其孩童，非必要的電腦斷層在實證上明顯提高孩童的罹癌機率。

研究人員指出，儘管電腦斷層檢測有輻射，若有必要使用，仍不失為診斷利器，但濫用對健康的危害不容小覷。

電腦斷層也能用於大腸癌篩檢，但許多醫師認為，若能接受大腸鏡，就儘量別用電腦斷層。只是許多民眾一聽到要進行大腸鏡檢查，就面露難色。大腸直腸癌的診斷除了病史外，還可運用肛門指診、硬式乙狀結腸鏡、大腸鏡、大腸鋇劑X光攝影等幾種篩檢工具來偵測，但分別有探檢範圍限制、檢查過程不舒服等缺點，不少人因而錯失早期發現與治療的時機。

立體電腦斷層掃描儀器可以虛擬實境的電腦後處理方式，呈現如真實大腸鏡般的動態畫面，模擬出大腸內視鏡的檢查效果，同時掃描腸道外的內臟。

醫師指出，大腸立體電腦斷層掃描侵入性較小，又能做全大腸立體造影，部分醫師並認為它可成為大腸癌及瘜肉偵測的篩檢工具，然而民眾就診前仍須思考自身是否適合接受，畢竟這仍是放射性檢查工具的一種。